Prve etničke grupacije na pitomom i plodnom prostoru Skadarskog jezera vezuju se za gvozdeno doba i ilirsko pleme Labeate, po kojima je Jezero dobilo ime Lakus Labeatis. Sjedište velike ilirske države, po pretpostavkama arheologa najvjerovatnije je bilo u zoni Skadarskog jezera, u arealu sela Mataguža, u kojem je značajnu ulogu imala labeatska civilizacija od IV do I vijeka p.n.e. Od sredine II vijeka p.n.e. Ilirima su ovladali Rimljani, koji za vrijeme svoje vlasti na ovom prostoru grade brojna naselja i kvalitetnu infrastrukturu. Od početka VII vijeka, oblast Skadarskog jezera naseljavaju slovenska plemena. Basen Skadarskog jezera bio je centar Dukljansko-zetske države, što potvrđuju i ovdašnje vladarske prijestonice - Duklja, Krajina, Papratna, Skadar, Žabljak. U doba Vojislavljevića od IX do XII vijeka Zeta se izborila za državnu i crkvenu nezavisnost. Sa vladavinom Nemanjića od XII -XIV vijeka, katolička tradicija počinje da ustupa mjesto pravoslavlju. Oko 1360. godine javlja se nova dinastija Balšići, koji će Zetu odvojiti od centralne srpske vlasti, osamostalti je i proširiti teritorijalno. Početkom XV vijeke na prostoru Gornje Zete gospodari Crnojevići stvaraju novu državu koja se sve češće naziva Crna Gora. Početkom XVI vijeka, padom Crnojevića, Crna Gora je pripojena Skadarskom sandžakatu. U XVI i XVII vijeku, u periodu vladika iz raznih plemena, i narednom dvjestagodišnjem usponu Crne Gore pod dinastijom Petrović-Njegoš, Skadarsko jezero će biti stalno poprište između Crnogoraca i Turaka. Berlinskim ugovorom 1878. godine Crna Gora dobija polovinu Jezera. U želji da zagospodare cijelom njegovom teritorijom, Crnogorci 1912/14. godine osvajaju staru zetsku prijestonicu Skadar, koji je posredovanjem velikih sila dodijeljen Albaniji. O ratnim okršajima iz Drugog svjetskog rata, na širem prostoru Jezera svjedoče brojni spomenici i spomen obilježja borcima i rodoljubima ovog kraja.

Raznovrsna i specifična ruralna arhitektura posebno je značajna vrijednost tradicionalnog graditeljskog nasljeđa u arealu Jezera. Autentično stambeno graditeljstvo karakterišu kamene kuće zbijenog i razbijenog tipa. To su kuće ”prizemljuše”, sa dvovodnim krovom i jednom ili dvije prostorije, zatim kuće na dva ”boja” sa spratom i podrumskom prostorijom i izdužene svoltane građevine sa konobom i prostranom popločanom terasom. Značajna su i brojna ribarska naselja na samoj obali Jezara, sa kućama koje su služile za smještaj ribolovnog alata i soljenje ulova, kompleksi mlinova i kamenih mostovi na vodotocima rijeka, popločane seoske staze i pojedinačni primjeri gumna, pojila, bunara, razbacanih po cijeloj Crmnici i Riječkoj oblasti.

U brdovitom pojasu Jezera, u pećinama i okapinama, pronađeni materijalni ostaci svjedoče da početak ljudskog života na ovim prostorima potiče još od najstarijih praistorijskih epoha. Metalno doba karakterišu nadgrobni spomenici tumuli, kameni oko Humskog zaliva i zemljani u atarima sela Mataguža i Gornjih Vukovaca. Ilirsko-helenističkom i rimskom periodu, od sredine III - I v.s.e. pripadaju gradine Samobor u Hotskom zalivu i Balšin grad kod Ponara. Iz istog perioda su zakonom zaštićeni arheološki lokaliteti Oblun u Gornjem blatu, nekropola Vele ledine u starom Gostilju i Mljace u Matagužima sa lokacijama Crkvine, Ćurići i Kremenjača. Periodu antike pripisuju se Ploča blizu izvora Vitoja u Humskom zalivu, Kirza kod Sukuruća, Mala Mrka kod Mataguža, Durovina blizu Gostilja. Srednjevjekovna arheologija zastupljena je u većem broju nekropola, utvrđenja, manastirskih kompleksa i crkava. Među njima su evidentirani i neistraženi lokaliteti oko Gornjeg blata - Skupo, Kosmača, Sinjac, Ćelija goljemadska, Plavnica u Zeti i Ćafkiš kod Vuksan Lekića u Malesiji. Značajan arheološki pokretni materijal, do kojeg se došlo tokom dosadašnjih istraživanja, veliki broj metalnog nakita, keramičkih posuda, ratne opreme, novca, nalazi se na stručnoj obradi i prezentaciji u Centru za arheološka istraživanja Crne Gore, Muzeju Podgorice i Zavičajnom muzeju u Baru. Dio nalaza sa prostora Malesije smješten je u Samostanu u Tuzima.

Među zakonom zaštićenim nepokretnim kulturnim dobrima, u granicama Nacionalnog parka nalazi se šest manastira, četiri tvrđave i tri profana spomenika. Manastirski kompleksi su najznačajnije sakralne cjeline, nastali u periodu od XI-XIX vijeka. Najstariji su Prečista krajinska kod Ostrosa iz XI vijeka iz doba Vojislavljevića i nemanjićki manastir Sv. Nikole na Vranjini iz XIII vijeka. Na ostrvcima, pored krajinske obale, Balšići podižu manastire sa skromnim grobnim crkvama krajem XIV i početkom XV vijeka Starčevo, Bešku i Moračnik, sa crkvama trolisne osnove. Arhitektonski kompleksi Crnojevića iz druge polovine XV vijeka su utvrđeni grad Žabljak Crnojevića, Manastir Kom i Obod-Riječki grad. Zbog prostorne, duhovne i istorijske povezanosti, vrijedni su pomena tri crmnička manastira u zaleđu Jezera - Orahovo, Donji Brčeli i Gornji Brčeli, nastali u periodu od XV - XVIII vijeka. Svi manastiri u regionu Skadarskog jezera danas su aktivni duhovni centri, osim Prečiste Krajinske koji je u ruševnom stanju. Kule i tvrđave na Skadarskom jezeru podignuti su u periodu od XIV do XIX vijeka. Sa moćnim bedemima i kulama na stjenovitim uzvišenjima, imale su izvanredan strateški položaj. U ratnim okršajima između Crnogoraca i Turaka, činile su povezani sistem odbrane Jezera.

Raznoliko i bogato kulturno - istorijsko nasljeđe: arheološka nalazišta, utvrđenja, sakralna arhitektura, tradicionalno seosko graditeljstvo, kao i značajno duhovno stvaralaštvo, ukazuju da je region Skadarskog jezera tokom vremena bio važno istorijsko, privredno i kulturno središte. Od mnoštva arheoloških lokaliteta u priobalju Jezera, dosadašnja iskopavanja svode se na par nalazišta iz ilirsko-helenističkog i rimskog perioda, i nekoliko djelimičnih istraživanja na srednjevjekovnoj sakralnoj arhitekturi. Najznačajniju i najreprezentativniju kulturno-istorijsku vrijednost Nacionalnog parka karakterišu manastiri iz XIV i XV vijeka iz doba vladavine Balšića i Crnojevića i fortifikacioni kompleksi iz perioda osmanske dominacije. Specifična narodna arhitektura - stare ruralne cjeline, pojedinačni primjeri ribarskih i stambenih objekata, kamenih mostova i mlinova na vodotocima rijeka, potvrđuju kulturni pejsaž od posebne graditeljske vrijednosti. Značajna zaostavština Skadarskog jezera odnosi se i na pokretna kulturna dobara - arheološke nalaze, manuskripte, ikone u stalnim muzejskim postavkama, kao i na raznovrsne upotrebne predmete tradicionalnog stvaralaštva u posjedu lokalnog stanovništva.

Prvi pisani podaci o plovidbi po Skadarskom jezeru potiču još iz 167. g.p.n.e. kada je ovim prostorima vladao ilirski kralj Gencije. U davna vremena po Jezeru se plovilo primitivnim sredstvima trupinama, izdubljenim od jednog debla drveta, šuljicama i čunovima pokretanim veslima, a nešto kasnije lađama s jarbolom na jedra. Lađe za plovidbu po Jezeru i rijeci Bojani, pravili su vješti lokalni majstori, naročito Krajinjani i Širočani, koristeći autohtono drvo kestena, murve, košćele i hrasta. Služile su za prevoz tereta i ljudi i ribarenje okolnom stanovništvu, a često i u borbama za odbranu od brojnih osvajača. Pojava parobroda polovinom XIX vijeka i razvoj brodarstva na Jezeru uticao je na smanjenje i nestanak lađa. Krajem XIX vijeka počinju da plove i prve crnogorske jahte i parobrodi knjaževske porodice Petrović. Glavne luke bile su u Virpazaru, Lipoviku, Plavnici i Skadru. Prvu redovnu putničko-teretnu liniju na Jezeru započeo je parobrod Žabljak 1885. godine. U cilju uspostavljanja redovnog saobraćaja, osamdesetih godina XIX vijeka, osnivaju se i smjenjuju akcionarska brodarska društva, koja su raspolagala parobrodima i raznim plovilima na motorni pogon, podesnim za saobraćaj po Jezeru. Izgradnjom drumske i željezničke pruge preko Jezera, šezdesetih godina prošlog vijeka, postepeno se smanjuje brodski prevoz. Ubrzo, sa likvidacijom brodarskog preduzeća „Galeb“ 1981. godine, poslije 96 godina ugašen je redovan putničko-teretni saobraćaj po Skadarskom jezeru.