Kasoranja je široko rasprostranjena vodena makrofita. Nastanjuje stajaće vode suptropskih krajeva Evrope, Azije i Afrike, dok je u sjevernoj Americi i Australiji naturalizovana. I pored toga, globalno je ugrožena i prorijeđenja, uglavnom zbog nestajanja njenih prirodnih staništa. U Crnoj Gori je zakonom zaštićena vrsta. Nalazi se i na listi IPA vrsta (Important Plant Area) Crne Gore, po kriterijumu A II (ugrožena na nivou Evrope). Skadarsko jezero pruža idealne termičke uslove za opstanak ove reliktne biljke, nastale krajem tercijera. Flotantna je biljka, koja svoje plutajuće listove širi u rozetu i pokriva velike površine Skadarskog jezera, naročito uz njegovu sjevernu obalu i unutar mnogobrojnih zaliva. Ima jestiv plod, bogat skrobom, ukusa sličnog koštanju. Zaštićen je čvrstom četvorokrakom ljuskom koja mu daje neobičan i prepoznatljiv izgled.

Mjehurača je jedina karnivorna vrsta (biljka mesojed) u flori Skadarskog jezera. Način ishrane, netipičan za biljke, je evolutivna prilagođenost na supstrat siromašan nitratima, te je i indikator bazičnog, azotom osiromašenog zemljiišta. Nalazimo je u priobalnoj zoni, u zabarenim uvalama i zalivima na više lokaliteta (Vranjina, Crni žar, zaliv Mrčiluka). Mjehurača je submerzna močvarna vrsta – pluta ispod površine vode. Jedino, tokom avgusta mjeseca izdiže nad vodom upadljive žute cvjetove. Listovi su višestruko končasto dijeljeni, sa brojnim mješkovima (na hiljade, svaki promjera 2-3 mm) specijalizovanim za hvatanje sitnih beskičmenjaka, kao što su razni insekti, vodene bube i larve komarca. Biljka je tercijerni relikt i Zakonom zaštićena vrsta.

Pelim, u narodu poznat i kao žalfija ili kadulja, je mediteranska biljna vrsta od davnina cijenjena po svojim ljekovitim, aromatičnim (začinskim) i medonosnim svojstvima. Klimatske i stanišne odlike, naročito južne obale Skadarskog jezera, čine da je pelim na području Parka vrlo rasprostranjen. Najbrojnije i najljepše primjerke nalazimo u oblasti Krajine, ali i na Vranjini i drugim osunčanim mjestima gdje je izraziti kamenjar. Vrlo je značajan u očuvanju oskudnog zemljišta na takvim staništima. Omiljena je ispaša za pčele, te je pčelarstvo i proizvodnja meda tradicionalan način privređivanja na ovim prostorima. Na području Parka, ubiranje pelima je kontrolisano i regulisano Zakonom.

Ova izuzetno dekorativna endemo-reliktna i zakonom zaštićena vrsta, nastanjuje graničnu oblast Nacionalnog parka, na padinama Rumije, iznad sela Murići. Raste u pukotinama stijena, na staništu koje oskudijeva zemljištem i vodom. Izuzetno nježna, izbjegava direktnu sunčevu svjetlosti, tražeći sjenovita i uvijek sjeveru okrenuta mjesta. Listovi su joj s lica prekriveni svijetlim, poleglim dlakama koje odbijaju svjetlost i time je štite od pregrijavanja i gubitka vode, dok na naličju lista, kao dobar toplotni izolator, razvija jako duge i guste riđe dlake. Interesantna je i kao poikilohidrična cvjetnica, što znači da ima sposobnost da povrati životne funkcije, nakon izuzetno sušnog perioda.

Marsilea quadrifolia je vodena paprat, sa listićima koji plutaju po površini vode. Za vrijeme ljetnjih suša uspješno preživljava i na suvom. Izgledom podsjeća na četvorolisnu djetelinu. Nastanjuje ustajala, plitka močvarna staništa uz jezera, bare i riječne rukavce. Zbog nestajanja njenih prirodnih staništa, usled zarastanja, isušivanja ili urbanizacije, rijetka je i ugrožena na području cijele Evrope. U Crnoj Gori je poslednji put evidentirana davne 1949. godine na lokalitetima Plavnica i Gostiljska rijeka. Višegodišnja istraživanja, koja je sprovela stručna služba JPNPCG, na istim i potencijalno novim staništima, rezultirala su pronalaskom ove vrste, juna 2017. godine, na novom lokalitetu, na Žabljačkim livadama, uz obale Moračice. Kao rijetka i ugrožena, nalazi se na svim značajnim evropskim listama zaštite (IUCN Crvena lista, Bernska konvencija, EU Habitat direktiva). U Crnoj Gori je zaštićena nacionalnim zakonodavstvom.

Drvo visine do 40 m (rijetko do 50 m), a prsnog prečnika do 3 m. To je drvo koje može doseći starost od 500 do 800 godina. Krošnja mu je široka, nepravilna i dobro razgranata. kora mu je u mladosti glatka s laganim sivo-zelenkastim sjajem, a kasnije uzdužno ispuca. Skadarski hrast je, kao rijetka i ugrožena endemska podvrsta, stavljen na listu nacionalno značajnih i zaštićenih biljnih vrsta, a u zajednici sa jasenom - na listi je potencijalnih habitata od evropskog značaja (NATURA 2000). Rasprostranjenje skadarskog hrasta je sjevernim dijelovima ovog Parku i to u poplavnim područjima oko Gostiljske rijeke.

Divlje orhideje su izuzetno dekorativne biljne vrste, koje privlače pažnju posjetilaca . Na području NP nalaze se na suvim travnim staništima i na čistinama u vegetaciji šikara. Zastupljene su sa brojnim vrstama, koje se smjenjuju tokom proljeća na cjelokupnom području. Sve orhideje koje prirodno rastu u Crnoj Gori su zaštićene na nacionalnom nivou, kao rijetke i ugrožene biljne vrste. Sve se nalaze na listi CITES konvencije o međunarodnoj trgovini ugroženim vrstama divlje flore i faune, koja ima za cilj da zabranom ili ograničavanjem trgovine, štiti biodiverzitet područja. Kao vrste značajne za Evropu, sve se nalaze IUCN crvenoj listi ugroženih vrsta. Anacamptis pyramidalis i Himantoglossum caprinum su orhideje koje se nalaze i na listi Direktive o staništima i listi Bernske konvencije, radi zaštite njihovih populacija i staništa na međunarodnom nivou. Posebno interesantne orhideje su vrste iz roda Ophrys, u narodu poznate kao pčelice, koje izgledom svojeg cvijeta imitiraju insekta koji ih oprašuje. Od njih , Ophrys bertolonii ima subendemsko rasprostranjenje. Sem u zemljama Balkanskog poluostrva nalazi se u Italiji i na Siciliji.