Ekosistem Skadarskog jezera je izuzetno složen, submediteranskog tipa, sa dominacijom slatkovodnih i močvarnih biotopa naročito uz sjevernunu obalu, ali i prisustvom šumošikara, gariga i kamenjara na južnim karstnim padinama, što sveukupno ukazuje na florističku i vegetacijsku raznovrsnost i bogastvo.

• Zajednica algi Skadarskog jezera, odlikuje se ogromnom raznovrsnošću mikrofitskih i makrofitskih predstavnika,  kakva se javlja samo u tropskim i subtropskim akvatičnim sistemima.

• Močvarna vegetacija zauzima veliki prostor uz severnu obalu i zalive. Grade je zajednice flotantnih (žuti i bijeli lokvanj, kasoranja) i emerznih vodenih biljaka (trska, rogoz, ševar, žuka i dr.). Submerzne vrste pojavljuju se ispod vode, naročito na plitkom i muljvito-peskovitom jezerskom dnu.

• Vodoplavne šume - na plavnim terenima sjeverne obale egzistiraju različite vrste vrba, gradeći šumarke, a uz ušće Morače prostranu, gustu vrbovu šumu. Dublje u kopno, na par lokaliteta, nalaze se stabla endemičnog skadarskog hrasta, zaštićenog kao rijetka i ugrožena vrsta.  

• Šumošikare, garige i kamenjari, bogati ljekovitim, aromatičnim i medonosnim biljem, i sa značajnim prisustvom endema, uveliko obogaćuju floristički diverzitet Nacionalnog parka. 

• Endemične vrste: skadarski hrast lužnjak, zanovijet, srpska ramonda, uskolisni zvončić, buhač, modro lasinje, nježna kockavica, svilena žutilovka, Huterova papričica, dalmatinski i tomazinijev šafran, Grisebahova divlja lala, kuglasto devesilje...